廃棄文書は，「AKF」の導入とは関係なく，これまでも発生していた訳ですので，それぞれの自治体ごとに廃棄文書の処理の方法は，決められていると思います。
しかし，「AKF」の導入時には，一時にこれまでにない大量の廃棄文書が発生しますので，通常とは異なる方法を採ったり，ときには，一般廃棄物主管課（例えば，衛生課，清掃センターなど）の協力を求める必要もあります。自治体の規模にもよりますが，状況によっては，文書主管課が主になって清掃センターに搬入したり，各課の職員の応援を求める場合もあります。
一般的な廃棄の仕方は，次のとおりです。
1. 一般文書
一般文書は，再生できるものとできないものとに区分し，再生できるものについては金具類，プラスチック類，とじひもなどを取り外して業者に引き取ってもらいます。再生できないものは，例えば，専用のコンテナに入れて，一般廃棄物主管課で回収してもらったり，文書主管課が中心になって清掃センターなどに運び込み，熱溶融解等より処分する方法が一般的です。また，これらの作業も最近では，業者に委託するケースが多くなってきました。
2. 「秘」扱い文書
「秘」扱い文書は，シュレッダーにかけた後，焼却する方法が採られますが，この場合も業者委託する自治体もあります。また，国や県から処分の方法が示されている場合には，その取扱いに従います。
3. 歴史的・学術的・文化的価値のある文書
歴史的・学術的・文化的価値のある文書は，公文書館や市史編さん室などに移管し，別途保存する必要があります。最近では，公文書館を設置する自治体も増えてきましたが，そうした施設がない場合にも，市史編さん室など，いずれかの部署に，処分する前に確認をしてもらうべきです。また，保存期間満了後の文書についても，処理の方法が文書取扱規程などで示されている場合が多いと思いますが，こうした文書の保存のための規定の整備が必要になります。
廃棄文書の取扱いは，各自治体によって異なっていると思いますが，基本的には「秘」扱い文書や歴史的・学術的・文化的・地域的価値のある文書についての配慮がなされていれば，それ以外の一般文書については，処分に係る経費と古紙のリサイクルに対する自治体の施策を考慮して決めることになると思います。